檢測肺癌患者血漿ctDNA中的EGFR突變，3個血漿檢測方法的對比

來源：腫瘤資訊

背景：

AURA3研究顯示，在一線EGFR TKI治療進展的EGFR T790M陽性的晚期NSCLC患者中，三代EGFR TKI奧希替尼對比培美曲塞鉑類可以顯著改善患者的PFS和ORR。收集患者入組基線的標本，我們採用3種不同的血漿檢測技術，對比血漿循環腫瘤DNA（ctDNA）和組織標本檢測EGFR突變的一致性（T790M，EGFR exon19del和L858R）。

方法：

在患者接受一線EGFR TKI治療進展后，進行腫瘤組織標本穿刺。基線的EGFR突變狀態採用cobas EGFR突變檢測（羅氏診斷）在中心實驗室進行。儘可能的收集奧希替尼組患者的基線血標本，並採用等位基因特異性的（AS）PCR（AS-PCR，cobas EGFR突變檢測v2），ddPCR（Biodesix）和二代測序（NGS，Guardant Health）三種方法進行檢測。

結果：

採用3種方法檢測，未能檢測到ctDNA（所有三種EGFR突變類型均為陰性：T790M，EGFR exon19del和L858R）到患者比例分別為：AS-PCR 22%（51/228），ddPCR 27%（58/211）和NGS 23%（54/230）。採用Spearman等級分析檢測ddPCR和NGS法檢測EGFR突變的等位基因比例（AFs）分別為：T790M R2 0.9129（n=201），Ex19del R2 0.9384（n=201），R2 0.8090（n=200）。ddPCR和NGS檢測不一致的樣本分別為：T790M 12%（24/201），Ex19del 8%（17/201）和L858R 6%（11/200）。兩種方法檢測不一致的樣本，兩種方法檢測AF均≤1%。

結論：

採用Cobas組織檢測作為金標準，血漿T790M突變檢測的敏感性上，ddPCR和NGS法優於AS-PCR。在確定3種突變類型的AFs上，ddPCR和NGS顯示出很強的相關性。約25%的AURA3研究中的患者，外周血中沒有脫落的ctDNA，因為採用以上3種方法都不能檢測到任何的EGFR突變。

責任編輯：腫瘤資訊-宋小編