當腎病綜合征患者用激素療效不佳時，免疫抑製劑就會派上用場。免疫抑製劑有很多種，環磷醯胺，環孢素，嗎替麥考酚酯（驍悉），硫唑嘌呤，他克莫司，來氟米特等。

微小病變

適用免疫抑製劑：嗎替麥考酚酯（驍悉）、環孢素

微小病變一般用激素即可，如果擔心激素副作用，可使用免疫抑製劑。

膜性腎病

適用免疫抑製劑：環磷醯胺、他克莫司、嗎替麥考酚酯（驍悉）、環孢素

膜性腎病和微小病變患者，如果經濟條件允許或患者年輕需要生育，可以應用嗎替麥考酚酯（驍悉）或環孢素。

局灶節段腎小球硬化

適用免疫抑製劑：環磷醯胺、環孢素

一般是激素+環磷醯胺治療，如果環磷醯胺無效或擔心性腺毒性，可用環孢素。

狼瘡性腎炎及ANCA相關性小血管炎

適用免疫抑製劑：環磷醯胺、硫唑嘌呤、驍悉、他克莫司

疾病尚未緩解時需要激素和環磷醯胺（或驍悉）聯用，也有用他克莫司來治療，病情穩定時可用硫唑嘌呤。

來氟米特可用於狼瘡性腎炎，IgA腎病，局灶節段腎小球硬化的治療，它最早用來治療類風濕性關節炎。

雷公藤多甙對紫癜腎、腎小球腎炎有一定療效，但由於肝毒性、性腺毒性、白細胞下降等原因，逐漸被沙坦類和普利類的藥物替代。

免疫抑製劑適合小劑量長時間用，大劑量會造成嚴重副作用，時間短了會複發。這種藥物更看重的是累積劑量，而不是單次劑量。

很多病人不願意用免疫抑製劑，最大的原因是影響生育能力。和醫生的觀點不一樣，患者認為生育比疾病更重要……不過有個辦法，治療過程中服用具有保護生殖功能的中藥，如枸杞、玄參、莬絲子，仙靈脾等，這樣對生育功能的影響很小。

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