信號通路查詢,除了KEGG你還知道哪些?

信號通路研究,是我們做基礎科研接觸最多的一個方面,不管是設計課題寫基金還是發表文章,都需要對信號通路有一定的了解。我們常在文章裡面見到各種各樣的信號通路,今天我們就來梳理下查詢信號通路的各種資料庫。

  1. KEGG Pathway

基爾頓生物

KEGG是一個綜合性的網站,由日本京都大學生物信息學中心的Kanehisa實驗室於1995年建立,Pathway通路資料庫是大家最為熟悉的、用的最多的一個,

常見於SCI文章中:

基爾頓生物

其實,除了信號通路外還有疾病、藥物、小分子化合物等多個資料庫,是最經典的資料庫之一。

2. BioCarta Pathway

基爾頓生物

BioCarta Pathway是另外一個常用的資料庫,資料庫中的通路圖是這個樣子的:

Advertisements

基爾頓生物

3. Reactome pathway

基爾頓生物

Reactome資料庫偏重於生化反應,也包括了各種通路,在文章中出現頻率也很高,我們看一下Reactome的結構。

這是通路圖總覽

基爾頓生物

假如我們想看神經退行性疾病(比如阿爾茨海默症AD)相關的通路或者分子,就分別雙擊左側的Disease,Neurodegenerative Diseases,Deregulated CDK……in Alzheimer's disease models,選項如下:

基爾頓生物

,在右側就出現了通路圖:

基爾頓生物

單擊左下角的Molecules就看到了具體的分子:

基爾頓生物

以上介紹的KEGG、Biocarta和Reactome是我們最常用的三大資料庫,我們一般叫「通路三劍客」,知名度高,但是圖片美觀程度一般。

Advertisements

4. CST pathway

基爾頓生物

5. Sabiosciences Pathway Central(http://www.sabiosciences.com/pathwaycentral.php)

其通路圖也非常漂亮:

通路圖註冊后可以直接下載PPT格式的。

今天就先介紹這幾個常用的資料庫,通路有關的資料庫或者網站太多了,本文由基爾頓生物www.jrd66.com整理髮布。

Advertisements

你可能會喜歡