淺談CRISPR/Cas9應用:OneShine CRISPR/Cas9基因過表達細胞文庫

2017年,在我們的生物領域內一名「網紅」如火箭般迅速竄起,出現在我們視野當中,他可以說生物領域內當之無愧的一匹「黑馬」——他就是CRISPR/Cas9基因編輯技術。CRISPR/Cas9基因編輯技術早前已經在部分領域應用,而在張峰教授張的憑藉對基因修飾技術CRISPR-Cas9的發展和應用研究獲得了美國專利之後,CRISPR/Cas9基因編輯技術更是是收到業內熱捧!

目前一些生物公司已成功CRISPR/Cas9技術應用到實驗當中,並形成一系列的產品和服務,如:廣州往聖生物公司的OneShine CRISPR/Cas9基因過表達細胞文庫。

然而,對於我們這些研究人員來說,比較關心的是,目前CRISPR/Cas9基因編輯技術有哪些成功的技術應用?這些技術又如何應用到實驗中?

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以OneShine CRISPR/Cas9基因過表達細胞文庫為例:

1)OneShine CRISPR/Cas9基因過表達細胞文庫原理

此系統包括lentiSAMv2質粒和lenti MS2-P65-HSF1_Hygro質粒。lentiSAMv2質粒如圖一所示,其中,eSpcas9(1.1)也叫做dCas9,是將Cas9酶切位點突變后形成的,它只具有結合基因組和sgRNA的能力,而不具備切割DNA的能力。lentiSAMv2質粒的sgRNA經過改造,在sgRNA後面加入了19個鹼基(MS2 binding site)。這19個鹼基經過轉錄后形成一個具有莖環結構的RNA,此RNA能特異性地與MS2蛋白結合。而在另一個載體lenti MS2-P65-HSF1_Hygro質粒上,MS2蛋白已經與P65、HSF1蛋白融合。其中,P65、HSF1是兩個轉錄因子。因此,當兩個載體同時進入同一個細胞后,lentiSAMv2質粒表達「sgRNA- MS2 binding site「融合RNA及dCas9蛋白,lenti MS2-P65-HSF1_Hygro載體表達MS2-P65-HSF1融合蛋白。在dCas9作用下,則形成「基因組DNA-dCas9-sgRNA-MS2 binding site-MS2- P65-HSF1」這一超級複合體。當sgRNA為轉錄起始位點時,此超級複合體定位於轉錄起始位點,由於P65、HSF1可以募集更多轉錄因子,因此可啟動轉錄,從而激活轉錄起始位點後面的基因表達。

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將合成了7萬多個轉錄起始位點的sgRNA(對應2萬多個基因),分別載入lentiSAMv2質粒中,再把此7萬多個質粒混合起來,形成文庫。並且將此文庫整合到了細胞中,一個125c㎡細胞培養瓶中含有約10^8個細胞,每個細胞被激活一個基因,共約2萬個基因被激活,所以含有每個特定激活基因的細胞約有5000個(10^8/2萬)。

2)OneShine CRISPR/Cas9基因過表達細胞文庫參數

靶基因物種:人

靶基因數目:23,430

gRNA數目:70,290

細胞類型:胃癌、乳腺癌、結腸癌等癌細胞系和永生化的細胞系。

3)OneShine CRISPR/Cas9基因過表達細胞文庫應用

【細胞凋亡相關基因篩選實驗】

取細胞文庫進行擴增,然後平均分成兩份,每一份包含10^8個細胞,每個細胞被激活了一個基因,共約2萬個基因被激活,所以含有每個特定激活基因的細胞約有5000個(10^8/2萬)。向其中一份細胞中加入放線菌素D、誘導細胞凋亡(A組),在另一份細胞中加入溶劑、作為對照(B組)。A組用流式細胞儀篩選出凋亡細胞A1、未凋亡細胞A2。B組用流式細胞儀篩選出凋亡細胞B1、未凋亡細胞B2。分別對A1、A2、B1、B2進行短測序,檢測哪些基因被激活了。A2中被激活的細胞即為能抵抗凋亡的基因,B1中被激活的基因即為能誘導凋亡的基因。其它應用:

(1)新葯靶點確定與驗證

(2)環狀RNA上游調控機制分析、下游調控機理分析

(3)Long noncoding RNA作用機制驗證

(4)脂肪代謝機制研究

(5)幹細胞自我更新、不對稱性分裂機制等。

OneShine CRISPR/Cas9基因過表達細胞文庫,可以說是CRISPR/Cas9技術的一次成功應用,類似CRISPR/Cas9技術的應用並不少見。隨著CRISPR/Cas9技術的不斷成熟,CRISPR/Cas9技術應用將會越來越廣泛。而對於我們來說,CRISPR/Cas9技術是新興的,時間是緊蹙的,內心是迫切的,腳步是急促的,我們當攜手共進,迎著CRISPR/Cas9技術時代浪潮奮勇向前。

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